根系发达，侧根较多，根群分布范围在1.3米以上，茎为蔓性，五棱，浓绿色，有茸毛，分枝力强，易发生侧蔓，侧蔓又发生孙蔓，形成枝叶繁茂的地上部。子叶出土，初生真生对生，盾形、绿色。真叶互生，掌状深裂，绿色，叶背淡绿色，5条放射叶脉，叶长18厘米，宽18～24厘米，叶柄长9～10厘米，柄上有沟。花为单性，雌雄异花同株。先发生雄花，后生雌花，单生。果实为浆果，表面有很多瘤状突起，果形有纺缍形，短圆锥形、长圆锥形等。皮色有绿色，绿白色和浓绿色，成熟时为桔黄色，果肉开裂，露出种子，种子盾形、扁、淡黄色，每果含有种子20～30粒，千粒重为150～180克。

苦瓜整个生育过程需80～100天左右，在抽蔓期以前生长缓慢，绝大部分茎蔓在开花结果期形成。各节自下而上发生侧蔓，形成多级茎蔓。随着茎蔓生长，叶数和叶面积不断增加，在单株叶面积中，其开花结果期就占95%，由此可见，同化器官是在开花结果中后期形成。一般植株在第4～6节发生第一雄花；第8～14节发生第一雌花，通常间隔3～6节发生一个雌花，但在主蔓50节之前一般具有6～7个雌花者居多。从调整植株营养来看，除去侧蔓，有利于集中养分，提高主蔓的雌花座果率。