《本经》原本早已散佚。现所见者，大多是从《证类本草》、《本草纲目》等书所引用的《本经》内容而辑成的。由于重辑者的着眼点和取材不同，因而各种辑本的形式和某些内容有一定的差异。常见的辑本有：

1．卢复辑《神农本经》三卷（公元1602~1616年，明万历30－44年）。是从《证类本草》和《本草纲目》中摘出所引的《本经》原文编辑而成。

2．孙星衍、孙冯翼同辑《神农本草经》三卷（公元1799年，清嘉庆4年）。是从《证类本草》上的白字辑出。并在每条正文之后，引用了《吴普本草》、《名医别录》、《淮南子》、《抱朴子》、《太平御览》、《尔雅》、《说文》等古书，详加考证，引证详实，资料丰富，是较好的一种辑本。

3．顾观光辑《神农本草经》四卷（公元1844年，清道光24年）此书分序录、上品、中品、下品四部分。药品次序是依照《本草纲目》卷二所载《神农本草经》目录排列的。经文均依《证类本草》。唐、宋类书所引有出于《证类本草》之外的，也一并辑人。

4．森立之（日本人）辑《神农本草》四卷（公元1854年，日本嘉永7年，清咸丰4年）。依据《千金方》、《医心方》、《唐本草》、《证类本草》、《本草和名》等重辑而成。别作“考异”，附之于后。

5．王阎运辑《神农本草经》三卷（公元1885年，清光绪11年）。是从《证类本草》辑出。王氏对医学和考据学都不是内行，所以此书内容是比较草率的。

6．姜国伊辑《神农本经》一册，未分卷（公元1892年，清光绪18年）。是根据《本草纲目》等辑成。

上述六种辑本，以孙、顾的辑本流行较广。这些辑本经重辑者的研究考证，基本上已接近原来的面目。

现知历史上有《本经》辑本16种。主要有：

1．南宋王介首次辑此书之佚文，成《本草正经》3卷，今佚。

2．明末卢复（不远）所辑《神农本经》3卷，目录依《本草纲目》所出，正文取自《证类本草》。

3．清过孟起（绎之）辑《本草经》3卷（1687年），佚文取自《证类本草》，今仅存残卷。

4．清孙星衍（渊如）、孙冯翼（凤卿）合辑《神农本草经》3卷（1799年），每药增补生长环境内容，又辑入《吴氏本草》、《名医别录》及若干药物考证资料，考证精详。

5．清顾观光（尚之）辑《神农本草经》4卷（约1844年），略加考校。

6．清汪宏（广庵）自称得《嘉本草》宋本，据此辑《神农本草经》3卷（1885年）。然或谓汪氏所辑，并非依据宋本《本经》。

7．清末王?运（纫秋）辑《神农本草经》3卷（1885年），收药360种，亦托称得宋嘉年间《神农本草经》刊本。

8．刘复取王氏辑本，兼参孙星衍、顾观光所辑，刊《神农本草》（1942年）。

9．清姜国伊（尹人）辑《神农本经》（1862～1892年），排列及佚文悉遵《本草纲目》。

10．近人尚志钧辑成《神农本草经校点》（1983年），集取众人之长，详加校订。

11．曹元宇辑《本草经》（1987年）3卷，

12．王筠默《神农本草经》（1988年）3卷。

13．日本森立之辑《神农本草经》3卷，附《序录》1卷、《考异》1卷。该辑本引证广博，考证精详。