该品作用于菌体内的异亮氨酸tRNA合成酶与异亮氨酸结合点，阻碍氨基酸的合成，同时耗竭了细胞内tRNA，使敏感菌的RNA和蛋白质合成中止。该品对哺乳类动物异亮氨酸tRNA合成酶的亲和力很低，故对人的毒性甚小。

莫匹罗星对需氧革兰阳性球菌有很强的抗菌活性，尤其对皮肤感染有关的金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、化脓性链球菌。对耐药金黄色葡萄球菌也有效。对该品敏感的革兰阴性细菌有流感嗜血杆菌、淋球菌等。该品对起先天性抗感染屏障作用的皮肤正常菌群丛如细球菌、棒状杆菌和丙酸杆菌等抑制较弱。对绿脓假单孢菌、厌氧菌和真菌无抑制作用。

该品对其它抗生素无交叉耐药性。与皮肤科病人其它常用的抗生素相比，该品保持对敏感菌株的敏感性。但在长期应用该品的病例中，亦已分离到对该品轻度耐药的菌株。

早期实验表明，外用该品0.02%～0.1%浓度制剂对金黄色葡萄球菌即有抑制作用,而用2%浓度制剂则起杀菌作用。在偏酸环境下体外活性增强，因而皮肤的低pH值有利于该品的抗菌活性。