早在1957年Keown等指出，在开胸手术中使用苯扎氯铵消毒器械会有亚急性细菌性心内膜炎的危险。有40例因使用了贮存于意外地被污染的溶液中的材料，而出现假单孢菌属的菌血症。1959年Malizia等报道在心脏插管术后出现假单孢菌族菌血症，其原因是用苯扎氯铵溶液消毒得不充分。1961年Lee等报道在一个病房15名病人爆发了假单孢菌属无色杆菌科细菌感染，原因是在静脉和肌内注射前用贮存在污染的苯扎氯铵溶液中的棉签消毒过皮肤。1965年Ogden等报道了1例用了被金葡菌污染过的苯扎氯铵浸泡过的绷带而使烧伤伤口出现感染。1976年Dixon等评述了在美国两所公立医院中出现的洋葱假单孢菌(Pseudomonas cepacia)感染而暴发的其他一些情况。1976年Kaslow提到在1971年4月～1972年3月这一年间，从一所公立医院的79名病人的血培养物中分离出洋葱假单孢菌或肠杆菌属或两种均有。病人除了都进行过静脉穿刺术外，并无其他共同的经历，结果从静脉穿刺术前，用于皮肤消毒的苯扎氯铵水溶液中培养出这些微生物，用碘酊消毒剂替代此药后，这两种细菌都明显减少了。

当使用含以苯扎氯铵作防腐剂的异丙托溴铵(Ipratropium Bromide)气雾剂后，病人出现明显的支气管痉挛，而先前单独用异丙托溴铵应出现支气管扩张。

国内刘氏报道9例误用所致灼伤中毒。所用苯扎氯铵浓度为5%～10%，其中误服2例、误作局麻2例、眼部冲洗2例、外阴冲洗3例。9例中需住院治疗的有5例，误注射用药2例，住院治疗超过80天。灼烧中毒症状有发热、消化道灼伤，表现为消化道障碍、胃粘膜溶解、脱落出血、粘膜组织坏死。皮肤明显水肿、充血，继之青紫，严重者有点状浅表溃疡。眼部灼烧可出现眼睑水肿、球结膜充血等。