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本品为局部用药，部分经粘膜吸收。甲硝唑和克霉唑的吸收量分别约有相当于给药量的20%～25%和3%～10%，醋酸氯己定的吸收甚少。甲硝唑吸收后广泛分布于各组织和体液中，且能通过血-脑脊液屏障。60%～80%经肾排泄，其中20%为原形，其余为代谢物。少部分随粪便或从皮肤排泄。克霉唑吸收后在肝脏中代谢成无活性的代谢物后，随粪便和尿液排泄。
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