头孢克肟不良反应大多短暂而轻微。最常见者为胃肠道反应，其中腹泻 16 %、大便次数增多 6 %、腹痛 3 %、恶心 7 %、消化不良 3 %、腹胀 4 %；发生率低于 2 %的不良反应有皮疹、荨麻疹、药物热、瘙痒、头痛、头昏。实验室异常表现为一过性 ALT 、 AST 、 ALP 、 LDH 、胆红素、 BUN 、 Cr 升高，血小板和白细胞计数一过性减少和嗜酸性粒细胞增多，直接 Coombs 试验阳性等。