1995 年Bush 等将金属酶全部归入功能类型3群，主要分类依据为：能被金属螯合剂螯合，不被β-内酰胺酶抑制剂克拉维酸、舒巴坦和三唑巴坦抑制。当时没有再作进一步分类。随着金属酶报道的增多，1997 年Rasmussen 和Bush 将金属酶按功能分成三个亚群：3a 、3b 和3c。

(1) 3a 亚群

绝大多数金属酶属于3a 亚群。其特点是底物谱宽，水解青霉素的速度与水解亚胺培南的速度相近或更快，还能有效水解头孢菌素，因此，3a亚群金属酶是β2内酰胺酶中最危险的单一酶种。许多3a 亚群酶需添加Zn2 才能达到最大活性或被激活，提示该亚群与Zn2 的亲和力低。

(2) 3b 亚群

分布于气单胞菌中，包括亲水气单胞、杀蛙气单胞、温和气单胞和简达气单胞菌。特点是底物特异性高，优先水解碳青霉烯，弱水解青霉素（A2h 除外） 和头孢菌素，不水解nitrocefin,因此不能用nitrocefin 纸片法检出。等电聚焦电泳和凝胶柱层析时必须用亚胺培南作底物才能检测到。能被EDTA抑制，加EDTA 后，再加Zn2 又可恢复酶活性。高浓度Zn2 可增加酶活性而在低浓度时酶活性受抑制。当Zn2 在15μmol 或更低时，至少有3 种3b 酶的活性受抑制。

(3) 3c 亚群

只有一种，来源于戈氏军团菌，至今尚未命名。能高效水解头孢菌素和碳青霉烯。这三群金属酶不水解氨曲南，不被克拉维酸、舒巴坦和三唑巴坦抑制，水解较新的碳青霉烯的能力比水解亚胺培南弱（3a 亚群的Bacill us cereus Ⅱ和3b 亚群的AsbM1除外）。