1.诱发恶性肿瘤乳腺癌。大多数研究表明雌激素替代治疗不增加妇女乳腺癌的危险性，但也有报道，用大剂量或长时间小剂量治疗（尤其是超过10年）的妇女危险性呈中度增加（相对危险度为1.3-2.0）。其他研究未见此关系。对875名妇女进行了为期三年的绝经后雌孕激素干预（PEPI）试验，以评估安慰剂、单用倍美力和三种不同联合激素治疗方案的区别：结果安慰剂组（174例）新发现1例乳腺癌患者，单纯倍美力组（175例）1例，倍美力联合醋酸甲羟孕酮(即安宫黄体酮)持续治疗组（174例）0例，持续倍美力联合周期醋酸甲羟孕酮治疗组（174例）2例。进行本项治疗的妇女必须定期做乳房检查，指导她们做乳房自检，年龄大于50岁的妇女必须定期进行乳房X线检查。子宫内膜癌。有报道发生单用雌激素治疗者子宫内膜癌的危险性是非治疗者的2-12倍，这取决于治疗时间和雌激素剂量。许多研究表明，雌激素应用少于1年者危险性无显著增加。最大的危险性似与长期用药有关，用药5-10年或更长的危险性增加15-24倍。有三项研究发现，停止雌激素治疗后8-15年仍有持续危险性。有一项研究报道，雌激素停用后6个月子宫内膜癌的发生率明显下降。同时应用孕激素治疗可抵消这一危险性，但对绝经后妇女总体健康水平的影响尚不清楚（见注意事项）。有恶性潜变的先天性病灶。妊娠期采用雌激素治疗与胎儿先天性生殖器疾病或其他分娩缺陷的危险性升高有关。对在妊娠期接受己烯雌酚(DES)治疗的妇女的研究表明，其女孩患阴道腺病、宫颈鳞状细胞发育异常和以后患阴道透明细胞癌的危险性增加。其男孩患泌尿生殖系统畸形和以后患睾丸癌的危险性增加。虽然其中有些是良性的，但也有恶性前期者。

2.胆囊疾病。有两项研究报道，在绝经期后接受雌激素治疗的妇女中，患需手术治疗的胆囊疾病的危险性增加2-4倍。

3.血栓栓塞性疾病和其它血管疾病。有研究报道雌激素替代治疗(单用雌激素或与孕激素联用)，可增加患血栓性静脉炎和/或血栓栓塞性疾病的危险性。一项对男性进行的大规模前瞻性临床试验表明，与前列腺癌和乳腺癌治疗剂量相比的大剂量雌激素（每天5mg结合雌激素）可使非致命性心肌梗塞、肺栓塞和血栓性静脉炎的危险性增加。内科医生在用雌激素替代治疗或其他雌激素治疗时必须了解可能发生血栓栓塞性疾病（血栓性静脉炎、视网膜血栓形成、脑栓塞和肺栓塞）的风险，并须对其早期表现提高警惕。一旦出现或怀疑有上述情况发生，必须立即停止雌激素治疗。对于曾患有与使用雌激素无关的血栓栓塞疾患的病人，尚无足够的资料。对有血栓危险性的病人必须严加观察。(见注意事项)

4.血压升高。在雌激素替代治疗期间通常血压维持正常或下降，偶有的血压升高是对雌激素的特异质反应。一项研究表明绝经后雌激素使用者的血压比不用者高。而另两项研究表明雌激素使用者的血压稍低于不用者。绝经后雌激素的应用不增加中风的危险性。然而，在应用雌激素期间应定期检测血压。

5.高钙血症。乳腺癌和骨转移病人应用雌激素可能会导致严重的高钙血症。如果发生，必须停药，并采取适当的措施降低血钙水平。

1.曾有报道雌激素可增加绝经后妇女患子宫内膜癌的危险性。对所有服用雌激素的妇女需进行定期临床观察。对所有未确诊的持续性或复发性异常阴道出血，必须采用包括子宫内膜活检在内的适宜的诊断方法，来排除恶性肿瘤。目前尚无证据表明同等剂量的“天然”雌激素在致癌方面比“合成”雌激素更危险。

2.妊娠期不应使用雌激素。在妊娠期及产后早期不适用雌激素治疗。雌激素对预防和治疗先兆性流产或习惯性流产无效。雌激素也不适用于预防产后乳房肿胀。妊娠期应用雌激素与胎儿生殖器先天性缺陷以及其他一些出生缺陷的危险性增高相关。对妊娠期接受己烯雌酚(DES)妇女的研究表明，她们的女孩患阴道腺病、宫颈鳞状细胞发育不良和以后患阴道透明细胞癌的危险性增加；而她们的男孩则患泌尿生殖器官异常和以后患睾丸癌的危险性增加。1985年DES 专题研究组总结认为，在妊娠期应用DES与母亲以后患乳腺癌危险性增加是有关的，虽然因果关系尚未明了，但是应用DES后患病的危险性增加是与其他高危因素引起的危险性增加相似的。