日本小檗春日黄花簇簇，秋日红果满枝。宜从植草坪、池畔、岩石旁、墙隔、树下，可观果、观花、观叶，亦可栽作刺篱。紫叶小檗可盆栽观赏，是植花篱、点缀山石的好材料。果枝可插瓶，根、茎入药。

城市庭园中常栽植供绿化或作绿篱。 根和茎叶供药用，能清热燥湿，泻火解毒，民间用其枝叶煎水洗治眼病，内服可治结膜炎；根皮作苦味健胃药；根和茎内含小檗碱，可供提取黄连素的原料；剥取茎皮，除外皮后，可作黄色染料。根、茎的木质部含小檗碱、氧化爵床碱、药根碱、木兰花碱等多种生物碱。