肉豆蔻种仁含脂肪油25%-46%，挥发油8%-15%，内含有毒物：肉豆蔻醚（myristicin）约4%。挥发油主含香桧烯（sabinene），α-及β-蒎烯（pinene），松油-4-烯醇（terpinen-4ol），γ-松油烯（γ-terpinene），柠檬烯（limonene），冰片烯（bornylene），β-水芹烯（β-phellandrene），对聚伞花素（p-cymene），α-异松油烯（α-terpinolene），α-松油醇（α-terpineol），δ-荜澄茄烯（δ-cadinene），肉豆蔻醚，榄香脂素（elemicin），还含樟烯（camphene），月桂烯（myrcene），α-水芹烯（α-phellandrene），3，4-二甲基苏合香烯（3，4-dimethylstyrene），芳樟醇（linalool），顺式辣薄荷醇（cis-pinperitol），反式辣薄荷醇（trans-piperitol），龙脑（borneol），顺式丁香烯（cis-caryophyllene），香茅醇（citronellol），对聚伞花素-α-醇（p-cymen-α-ol），黄樟醚（safrole），橙花醇（nerol），β-澄茄油烯（β-cubebene），乙酸牻牛儿醇酯（geranylacetate），丁香油酚（eugenol），甲基丁香油酚（methyleugenol），异榄香脂素（isoelemicin）。脂肪油中主含三肉豆蔻酸甘油酯（trimyristin）和少量的三油酸甘油酯（triolein）等。种子还含木脂素：1-（3，4-亚甲二氧基苯基）-2-（4-烯丙基-2，6-二甲氧基苯氧基）-1-丙醇〔1-（3，4-methylenedioxyphenyl）-2-（4-allyl-2，6-dimethoxyphenoxy）-propan-1-ol〕，1-（3-甲氧基-4-乙酰氧基苯基）-2-（4烯丙基地，6-二甲氧苯氧基）-1-丙醇乙酸酯〔1-（3-methoxy-4-acetyloxyphenyl）-2-（4-allyl-2，dimethoxyphenoxy）propan-1-olacetate〕，1-（3，4-亚甲二氧苯基）-2-（4-烯丙基-2，6-二甲氧基苯氧基）-1-丙醇乙酸酯〔1-（3，4-methylenedioxyphenyl）-2-（4-allyl-2，6-dimethoxyphenoxy）propan-1-olacetate〕，1-（3，4，5-三甲氧基苯基）-2-（4-烯丙基-2，6-二甲氧基苯氧基）丙烷〔1-（3，4，5-trimethoxyphenyl）-2-（4-allyl-2，6-dimethoxyphenoxy）propane〕，去氢二异丁香油酚（dehydrodiisoeugenol）即利卡灵A（licarinA），5'-甲氧基去氢二异丁香油酚（5'-methoxydehydrodiisoeugenol），2-（3，4-亚甲二氧基苯基）-2，3-二氢-7-甲氧基-3-甲基-5-（丙烯基）苯并呋喃{2-（3，4-methylenedioxyphenyl）-2，3-dihydro-7-methoxy-3-methyl-5〔1-（E）-propenyl〕benzofuran}，即利卡灵B（licarinB），2-（3，4-亚甲二氧基-5-甲氧基苯基）-2，3-二氢-7-甲氧基-3-甲基-5-（丙烯基）苯并呋喃{2-（3，4-methylenedioxy-5-methoxyphenyl）-2，3-dihydro-7-methoxy-3-methyl-5-〔1-（E）-propenyl〕benzofuran}、1-（3，4-二甲氧基苯基）-2-（4-烯丙基-2，6-二甲氧基苯氧基）-1-丙醇〔1-（3，4-dimethoxyphenyl）-2-（4-allyl-2，6-dimethoxyphenoxy）propan-1-ol〕，1-（3，4-二甲氧基苯基）-2-（4-烯丙基-2，6-二甲氧基苯氧基）-1-丙醇〔1-（3-methoxy-4-hydroxyphenyl）-2-（4-allyl-2，6-dimethoxyphenoxy）propan-1-ol〕等。脱指种仁含肉豆蔻酸（myristicacid）及三萜皂甙，甙元为齐墩果酸（oleanolicacid）。