由于欧洲百合分布非常广泛，其各地形态差异很大，因此本种下曾设立很多亚种，不过现在大多数都被认为是无效的。在《WorldChecklistofSelectedPlantFamilies》中，只有Liliummartagonvar.pilosiusculum被承认为有效学名，而在GRIN数据库中，共有5个变种被认为是有效的（var.albiflorum、var.album、var.cattaniae、var.hirsutum、var.sanguineopurpureum）。下列是被广泛承认的变种：

Liliummartagonvar.album：花纯白色，叶淡绿色，蜜腺绿色，株型较小，种子大多为白色。

Liliummartagonvar.cattaniae：花暗红色，多毛，茎几乎为黑色，株型大，株高达200厘米，分布于达尔马提亚山区。

欧洲百合（原变种）Liliummartagonvar.martagon：花淡紫色，密布暗紫色斑点。

新疆百合Liliummartagonvar.pilosiusculum：花紫红色，有斑点，茎细，苞片和花芽被长而卷的白色密绒毛，株型较小，株高45－90厘米，常见于山坡阴处、林下灌木丛中，生长在海拔200米－2500米的地区，分布于西伯利亚、蒙古和中国大陆的新疆北部，鳞茎可食用。