影响秦艽濒危的原因较多，只有那些直接或间接导致种群衰退的因素才算致危因素。不同的致危因素以其不同作用方式对中药秦艽个体、种群或生态环境进行着长期而广泛的危害，分析生境条件和影响其生长发育的因素，最主要的致危因素有以下几种：

中药秦艽主要靠种子进行繁殖，经实验研究种子萌发的最佳温度是20～25℃之间(每年的4月下旬，日最高温度一般超过20℃，此时播种较适宜)。种子萌发率第1年为70%左右，第2年下降到20%。实验证明，秦艽种子的寿命为1年，隔年种子在自然条件下保存发芽率低。如果播种后当年春旱持续时间较长或雨季来临过迟，则会影响种子的萌发，对秦艽的小种群造成不同程度的危害。外在因素森林砍伐、垦荒、放牧、采挖是对秦艽种群生境的彻底破坏。人为干扰因素越大，生境条件越差，种群衰退越强。从表面看，森林破坏、草原沙化似乎不直接减少秦艽种群数量，降低种群生殖、生活能力，实际上这恰恰导致了秦艽种群生境条件从根本上恶化，限制了秦艽种群生存的发展。轻度放牧一方面通过牲畜的踩踏、取食，破坏了秦艽群落，另一方面则直接取食其地上部分—茎、叶、花、果，导致秦艽个体生长衰退，失去当年的繁殖能力。也毁灭了被采食的群落。

当地农牧民采挖秦艽根，导致秦艽种群数量直接减少。秦艽一般需3～6年方可长成，而祁连山地区则需8～10年以上，这些生长在自然条件较差的环境中，毁一个个体就等于毁一个种源，也毁掉种群未来发展的一部分后续资源。再加上采挖时对幼龄个体的践踏，对种群的损害远远超出采挖的个体导致种群个体绝对数量减少所造成的危害。人为干扰与破坏是濒危最主要的原因。

综上所述，秦艽的濒危过程是其内在因素和外部不良因素综合作用的结果。