（1）茎腐病，主要为害茎和根部。发病初期，根茎部出现淡褐色的病斑，严重时植株枯死。防治方法为轮作、土壤消毒及药剂防治。发病初期向发病部位喷施40%乙膦铝可湿性粉剂200～400倍液，或用50%敌菌丹可湿性粉剂1000倍液浇灌植株根茎部。

（2）苗腐病，主要为害幼苗。发病初期幼苗近土表的基部或根部呈水渍状，最后腐烂，以致全株倒伏或调萎枯死。发病初期可喷洒50%多菌灵可湿性粉剂800倍液或75%百菌清可湿性粉剂800倍液。

（3）草锈病，主要为害叶片、嫩茎和花萼。发病初期，可喷洒15%粉锈宁可湿性粉剂2000倍液或65%代森锌可湿性粉剂500倍液。

（4）叶枯病，主要发生于叶部和茎部。发病初期，可喷洒等量式波尔多液，或65%代森锌可湿性粉剂600倍液，或50%莱本特可湿性粉剂2000～2500倍液。

（5）灰霉病，是温室内栽培金鱼草的重要病害。植株的茎、叶和花皆可受害，以花为主。发病初期，选用70%甲基托布津可湿性粉剂1000倍液，或50%多菌灵可湿性粉剂800倍液喷雾防治。每隔10～15天喷1次，连喷2～3次。

（6）蚜虫、红蜘蛛、白粉虱、蓟马等，可用3%天然除虫菊酯或25%鱼藤稀释800～1000倍液，对蚜虫有特效。40%三氯杀螨醇兑水1000倍，是专用杀螨剂。用黄色塑料板涂重油，诱杀白粉虱成虫。喷施兑水1000倍的50%杀螟硫磷等内吸剂与土壤内施用15%涕灭克或3%呋喃丹，对防治蓟马均有较好效果。