艰难梭菌之所以能够致病，是因为它具有3种毒力因子：毒素A、毒素B和一种能够抑制肠道蠕动的物质。毒素A有肠毒性，毒素B有细胞毒性。毒素A也有一定的细胞毒性作用，但比毒素B小。毒素A和B是艰难梭菌的主要致病因子，可干扰肠道上皮细胞的肌动蛋白骨架，使细胞丧失功能。

艰难梭菌广泛分布于自然生境中，如土壤、干草、沙、一些大型动物（牛、驴和马）的粪便，及狗、猫、啮齿动物和人的粪便。婴儿的粪便中常含有艰难梭菌，大约50％12月龄婴儿的肠道中有艰难梭菌，2岁以上儿童的带菌率大约为3％，但此菌在健康成人中出现频率较低，无症状带菌的成人在瑞典是1.9％，在日本为15.4％。