（1）心血管系统，极少出现严重的不良反应：如室性快速心律失常，低血压，晕厥、心脏QT间期延长乃至心跳停止、死亡。根据国外文献报导罕见有下列不良反应发生。如：室性心律不齐、尖端扭转性室速（Torsadedepoints）、室性心动过速、心室颤动、心跳骤停、低血压、心房扑动、晕厥、眩晕、QTC间期延长等，以上反应多数由于药物相互作用引起。

（2）胃肠系统：如胃部不适，恶心、呕吐、食欲增加、大便习惯改变。

（3）其他：如口干、鼻干、咽干、咽痛、咳嗽、皮肤潮红、瘙痒、皮疹等。

（4）其他：如：口干鼻干咽干皮疹等。

WHO药物不良反应协作中心在1986～1996年期间收到17个国家的976例有关抗组胺药的不良反应报告，其中绝大多数（99%）为第二代非镇静类抗组胺药，其中以特非那丁诱发的心脏毒性最多，其次是阿司咪唑、氯雷他定、酮替酚和西替利嗪，其他第二代抗组胺药的副作用尚未见报告，在上述药物中心脏毒性较强的是特非那丁和阿司咪唑，虽然诱发心脏毒副作用的发生率很低，约在0.25/百万，但后果严重，主要可导致各种心律失常，其中最严重的是尖端扭转型室性心动过速，心室颤动甚至心脏骤停和死亡，因此又称致死性心律失常。由于第二代抗组胺药物的心脏毒副作用，美国FDA于1992年通知各生产厂家，在特非那丁等药物的说明书中必须注明心血管方面的不良反应。迄今，特非那丁所引起的心源性猝死98例，阿斯咪唑25例，氯雷他定13例，西替利嗪2例。目前特非那丁已在许多国家停止使用和生产，或将特非那丁由非处方药重新改为处方药，患者应在医师指导下方可使用，阿司咪唑也已禁止在美国市场上使用。