杀菌剂的使用方法有多种，每种使用方法都是根据病害发生的规律设计的。常见的使用方法主要有：对田间地上作物喷药，土壤消毒和种菌消毒三种。

针对田间作物喷药，影响杀菌剂田间防病效果的因素也不外乎药剂、环境、作物三个方面，但杀菌剂在施用技术上比杀虫剂和除草剂的施用技术要求更高，尤其要充分了解病害的发生和发展规律，因为病害的发生和发展不象虫害和草害那样一目了然。对田间农作物喷药要注意两点：首先是药剂的种类和浓度。药剂种类的选择决定于病害类型，所以先要作出正确的病害类型诊断，然后才能对症下药。如稻瘟病可选稻瘟净、稻瘟灵、三环唑等，小麦白粉病、锈病要选三唑醇、三唑酮等，花生叶斑病要选甲基托布津等。但还应注意的是同样的病若发生在不同的作物上，有时也不能用同一种药剂，如波尔多液可防治霜霉病，但易对白菜产生药害，故不宜防治白菜霜霉病。药剂的种类选择后，还要根据作物种类及生长期、杀菌剂的种类和剂型、环境条件等选择合适的施用浓度。