近年来发现马兜铃含有的马兜铃酸有较强肾毒性，所以在使用本药时需要谨慎，不可以长期或大量连续服用，应在医师指导下进行安全使用。

国际肿瘤研究机构（IARC)2009年已将马兜铃酸（Aristolochic acid）列为1级致癌物，主要导致泌尿道上皮细胞癌、膀胱癌。因此，尽量不要使用含马兜铃的内服药。

此外，研究还显示巴尔干肾病的发生与当地居民长期暴露在马兜铃酸环境当中有关。巴尔干肾病是一种慢性间质性肾炎，能导致肾功能减退，居住在多瑙河流域附近的农村村民易患此病，具有包括南斯拉夫、罗马尼亚、保加利亚、希腊等在内的明显的区域性。巴尔干肾病另一个显著特征是患者通常伴随有出现尿路肿瘤的情况。巴尔干肾病的成因一直困扰科学界多年，2011年的一项研究表明，这种独特的疾病可能因当地居民长期暴露在马兜铃酸环境当中有关，并且当地也有食用马兜铃属植物种子的习惯。

2012年4月初《国际肾病期刊》、权威刊物《美国科学院院刊》相继报道马兜铃酸可能引起肾功能衰竭以及尿道癌症双重风险。在中国台湾，素来有服用含马兜铃酸中草药的传统，因此尿道癌的发病率全球最高，是西方国家的4倍。这些癌症病例中，有六成和服用马兜铃酸中药有关。

马兜铃可致膀胱癌

研究显示，马兜铃属植物当中含有马兜铃酸，其可导致使用者服用者患上肾疾病、肾衰竭及膀胱癌。

从中医药角度而言，马兜铃科草药多味辛、苦，苦能下气、燥湿，辛能发散、行气、活血。马兜铃科草药主要功能为袪风胜湿、活络止痛、行气活血等等。但现代研究表明，马兜铃属植物存在毒性，其可导致使用者患上肾衰竭及尿道肿瘤等恶性疾病，因而各国也纷纷颁布法令，禁止将马兜铃属植物当做药物来使用。2012年，4月，纽约州立大学石溪分校（Stony Brook University）的药物学家亚瑟·格罗尔曼（Arthur Grollman）在《美国国家科学院学报》（Proceedings of the National Academy of Sciences）期刊上发表论文称，中国台湾地区膀胱癌患病率居高不下的原因，可能就在于马兜铃一直被当做中草药在该地区广泛使用。