麝鼠的繁殖系统，从解剖上看结构和家兔、海狸鼠等其他哺乳动物差不多，只是麝鼠中公鼠有一对特殊的麝鼠香腺，位于阴茎两侧，即处于腹肌与被皮之间，开口于阴茎包皮内侧，重1～9克。在配种季节，这对腺体分泌乳黄色油性粘液，具有浓郁的香味，而在非配种季节，香腺收缩变小，没有分泌物产生。麝香腺是麝鼠的主要副产品之一，其腺体外观呈椭圆形，横径10～15毫米，纵径18～20毫米，其大小随公鼠的体型特征及发育阶段不同而有所改变。整个腺体由香囊和香腺两部分组成：香囊为一层薄膜，布满毛细血管，囊体呈海绵状，囊内形成许多不规则的腺泡，内存油状粘液，即麝香原液。从3月份进入繁殖期，香腺开始发育，分泌麝鼠香，其功能主要是通过香味传递兴奋信息，引诱母鼠发情。

　　性成熟时期

　　麝鼠一般于6月龄性成熟，可进行交配，但由于麝鼠第一胎最早于4月上旬生产，幼仔经过6个月达性成熟期，即进入了10月，刚巧是麝鼠的非繁殖期，所以，幼麝鼠一般在第二年才能交配生产。

　　性表现

　　麝鼠是季节性多次发情繁殖的多胎次动物，公母鼠在性表现上有些差异。公鼠的性表现较为强烈的时期在3～10月。最寒冷的冬日刚过，公鼠即有强烈的性欲表现，表现为焦躁不安，异常兴奋，睾丸明显下坠，龟头有时露出，香腺开始分泌麝鼠香，散发出浓烈香味，引诱母鼠。进入11月份，公鼠性欲减弱，性表现不明显，香腺停止分泌，睾丸也缩回腹腔内。一般地讲，母鼠发情高潮（即动情期）时，公鼠的泌香量也最大。母鼠的性欲表现较晚，一般在4月上中旬才开始，表现为鸣叫、不安、兴奋、尿频、外阴变化等等。母鼠发情周期一般为15～22天。母鼠发情周期分为4个时期：

　　（1） 休情期13～20天，母鼠情绪稳定，拒绝公鼠尾随，外阴紧闭而干燥，外阴部皮肤收缩呈黄白色。

　　（2） 动情前期1～2天，表现出兴奋不安，时有鸣叫，十分注意公鼠的一举一动，但拒绝公鼠爬跨。此期母鼠外阴部开始松弛，并出现湿润，产生轻度肿胀，外阴粘膜呈粉红色。

　　（3） 动情期时间延续2～3天，此期母鼠兴奋程度加剧，鸣叫次数增多，频率加快。食欲明显减退，外阴部充血膨大，阴门口张开呈紫红色并有大量粘液流出。发情的母鼠在水中喜欢追逐公鼠，上陆后迅即做出弯腰弓背姿势，接受公鼠的爬跨交配。

　　（4） 动情后期1～2天，由高度兴奋状态逐渐趋于正常，食欲增加。停止鸣叫，拒绝公鼠爬跨。外阴部的膨大消退，阴门开口缩小至关闭，颜色由紫转淡，呈正常淡红色，阴道口分泌物也大大减少。

　　交配与繁殖

　　麝鼠有如下几个特点：

　　（1）产仔后2～3天可以“血配”，产后15天也可再次发情交配。但这两种情况，受孕机会很小，只有在第二个发情周期才能交配受孕。

　　（2）交配多在水中进行，而且多在清晨或傍晚进行。

　　（3）母鼠交配后第二天清晨，其阴道内可检查出公鼠精囊腺分泌物所形成的白色管状胶体栓，此栓如果排除，母鼠可再次接受交配，否则，不再接受交配。

　　（4）接受交配的母鼠，绝大部分可以繁殖产仔。麝鼠属多胎次动物。

　　（5）麝鼠的妊娠期很短，仅27～28天，每胎可产仔6～9只。一只母鼠每年理论上可繁殖20～25只。

　　事实上，麝鼠的繁殖胎次、只数除了与气候条件有关外，还与种源、饲养管理水平、饲水条件、疾病防治等许多方面有密切关系。