(1)产生灭活酶

灭活酶有两种，一是水解酶，如β-内酰胺酶可水解青霉素或头孢菌素。该酶可由染色体或质粒介导，某些酶的产生为体质性(组构酶);某些则可经诱导产生(诱导酶)。二是钝化酶又称合成酶，可催化某些基团结合到抗生素的OH基或NH2基上，使抗生素失活。多数对氨基甙类抗生素耐药的革兰阴性杆菌能产生质粒介导的钝化酶，如乙酰转移酶作用于NH2基上，磷酸转移酶及核苷转移酶作用于OH基上。上述酶位于胞浆膜外间隙，氨基甙类被上述酶钝化后，不易与细菌体内的核蛋白体结合，从而引起耐药性。

(2)改变细菌胞浆膜通透性

细菌可通过各种途径使抗菌药物不易进入菌体，如革兰阴性杆菌的细胞外膜对青霉素G等有天然屏障作用;绿脓杆菌和其他革兰阴性杆菌细胞壁水孔，或外膜非特异性通道功能改变，引起细菌对一些广谱青霉素类、头孢菌素类包括某些第三代头孢菌素的耐药;细菌对四环素耐药主要由于所带的耐药质粒可诱导产生三种新的蛋白，阻塞了细胞壁水孔，使药物无法进入;革兰阴性杆菌对氨基甙类耐药除前述产生钝化酶外，也可由于细胞壁水孔改变，使药物不易渗透至细菌体内。

(3)细菌体内靶位结构的改变

链霉素耐药菌株的细菌核蛋白体30s亚基上链霉素作用靶位P10蛋白质发生改变;林可霉素和红霉素的耐药性，系细菌核蛋白体23s亚基上的靶位蛋白质发生改变，使药物不能与细菌结合所致。某些淋球菌对青霉素G耐药，以及金黄色葡萄球菌对甲氧苯青霉素耐药，乃因经突变引起的青霉素结合蛋白改变，使药物不易与之结合。这种耐药菌株往往对其他青霉素和头孢菌素类也都耐药。

(4)其它

细菌对磺胺类的耐药，可由对药物具拮抗作用的PABA的产生增多所致，也可能通过改变对代谢物的需要等途径。