1．激素和抗菌药联合药物的副作用既可来自激索成分，也可来自抗菌药成分，或者二者的联合使用。没有准确的不良反应发生率的资料。眼用妥布霉素(托百士)可出现与局部用其它氨基塘苷类抗生素类似的反应。最常见的不良反应有：局部的眼毒性和过敏反应，包括眼睑刺痒、水肿、结膜充血。这些不良反应仅在不到4%的患者中出现。与眼用的其它氨基塘苷类抗生素的不良反应类似的其它副作用尚未报道。但如果在全身使用氨基糖苷类药物时合用眼部的妥布霉素就应该监测血清中药物的浓度。

2．与激素成分有关的不良反应有：眼内压升高并可能导致青光眼、偶尔有视神经的损害、后囊下白内障形成和伤口愈合延迟。

3．二重感染：在合用抗生素和激素后可能发生二重感染。长期使用激素后极易发生角膜真菌感染。对于使用激素后出现的角膜顽固性溃疡应该考虑真菌感染。由于宿主的免疫抑制也可能导致继发眼部细菌感染