蛤蚧栖息在山岩或荒野的岩石缝隙、石洞或树洞内，有时也在人们住宅的屋檐、墙壁附近活动。听力较强，但白天视力较差，怕强光刺激，瞳孔经常闭合成一条垂直的狭缝。夜间出来活动和觅食，瞳孔可以扩大4倍，视力增强，灵巧的舌还能伸出口外，偶尔舔掉眼睛表面上的灰尘。

蛤蚧的动作敏捷，爬行的时候头部离开地面，身体后部随着四肢左右交互地扭动前进，脚底的吸附能力很强，能在墙壁上爬行自如。原来认为它的脚下有吸盘，其实其趾端膨大的足垫并不是吸盘，而是在足垫和脚趾下的鳞上密布着一排一排的成束的象绒毛一样微绒毛，如同一只只弯形的小钩，所以能够轻而易举地抓牢物体，可以在墙壁甚至玻璃上爬行，微绒毛顶端的腺体的分泌物也能增强它的吸附力。

主要捕食蝗虫、蟑螂、土鳖、蜻蜓、蛾、蟋蟀等昆虫及幼虫，偶尔也吃其他蜥蜴和小鸟等，咬住东西往往不松嘴。

蛤蚧的尾巴易断，但能再生，这是由于尾椎骨中有一个光滑的关节面，把前后半个尾椎骨连接起来，这个地方的肌肉、皮肤、鳞片都比较薄而松懈，所以在尾巴受到攻击时就可以剧烈地摆动身体，通过尾部肌肉强有力的收缩，造成尾椎骨在关节面处发生断裂，以此来逃避敌害。由于尾巴是以糖原的形式而不是单纯以脂肪的形式贮存能量，而糖原化脂肪更容易释放能量，所以刚断下来的尾巴的神经和肌肉尚未死去，会在地上颤动，可以起到转移天敌视线的作用，因此在民间还流传着蛤蚧的断尾巴会钻到人的耳朵里去的荒谬说法。断尾以后，自残面的伤口很快就会愈合，形成一个尾芽基，经过一段细胞分裂增长时期，然后转入形成鳞片的分化阶段，最后长出一条崭新的再生尾，但与原来的尾巴相比，显得短而粗。不过，蛤蚧只有在迫不得已的时候才会断尾，因为断尾毕竟是它身体上所受的严重损伤，不仅失去了尾巴上储存的脂肪，而且还因此而失去了它在同类中的地位。尤其是在求偶时，尾巴完整的蛤蚧对于失去尾巴的蛤蚧有着极大的优势。

蛤蚧通常在3—11月份活动频繁，12月至翌年1月在岩石缝隙的深处冬眠。