该科植物富含异哇啉类生物碱 (isoquinolinetype alkaloids) ，如前鸦片碱 (protopine) 、异紫堇碱 (isocorydine) 、罂粟碱 (papaverine) 、吗啡 (morphine) 、可待因 (codeine) , 还有血根碱 (sangulnarine) 、白屈菜碱 (chelerythrine) 、博落回碱 (bocconine) 、痕迹那可汀 (narcotine) 、蒂巴因 (thebaine) 等。?按化学结构又可分为苯菲里啶(bcnzo[C]Phenantridine)型、原小檗碱(berberine)型、原阿片碱(protopine)型、苯甲基异喹啉(benzylisoquinoline)型、吗啡(morphinane)型、丽春花碱(rhoeadane)型、酞基四氢异喹啉(phthalidetetrahyroisoqmnoline)型等。