灭菌是指杀灭一切活的微生物。而消毒则是指杀灭病原微生物和其他有害微生物，但并不要求清除或杀灭所有微生物（如芽胞等）。灭菌和消毒都必须能杀灭所有病原微生物和其他有害微生物，达到无菌术的要求。

应用于灭菌的物理方法有高温、紫外线和电离辐射等，其中以高温的应用最为普遍，能把应用于手术区或伤口的物品上所附带的微生物彻底消灭掉。手术器械和应用物品如手术衣、手术巾、纱布、盆罐以及各种常用手术器械等都可用高温来灭菌。电离辐射主要用于药物如抗生素、激素、维生素等的制备过程，还包括一次性医用敷料、手术衣和巾、容器、注射器及缝线的灭菌。紫外线可以杀灭悬浮在空气中和附于物体表面的细菌、真菌、支原体和病毒等，常用于室内空气的灭菌。化学品如甲醛、环氧乙烷及戊二醛等的蒸汽可渗入纸张、衣料和被服等而发挥灭菌作用。应用化学方法还可用于某些特殊手术器械的消毒、手术人员手和臂的消毒、患者的皮肤消毒以及手术室的空气消毒等。

常用的灭菌、消毒法：①高压蒸气法：应用最普遍，效果亦很可靠。高压蒸气灭菌法用于能耐高温的物品，如金属器械、玻璃、搪瓷、敷料、橡胶制品等；②煮沸法：适用于金属器械、玻璃制品及橡胶类等物品；③火烧法：适用于金属器械；④药液浸泡法：适用于锐利器械、内镜和腹腔镜等不适于热力灭菌的器械；⑤甲醛蒸气熏蒸法：适用于金属器械、玻璃、搪瓷及各种导管。