作为中华中医药学会针刀医学分会副主任委员，葛恒君对针刀医学理论研究有独到见解。他认为，在朱汉章的带领下，小针刀经历了小针刀疗法到针刀医学的演变，逐渐形成了新的针刀医学理论体系，即以四大理论为基础、六大基本组成部分的医学新学科。四大理论是闭合性手术理论、慢性软组织损伤病因病理新理论、骨质增生新的病因学理论、电生理线路学说；六大基本组成部分是针刀医学生理学“>病理生理学、针刀医学影像学、针刀医学手法学、针刀医学诊断学、针刀治疗学、针刀医学护理学。

葛恒君举例说，人体在特定时间和空间的量与度以内，自由活动状态就叫人体的“动态平衡”，反之则叫“动态平衡失调”。不管治疗哪一类慢性软组织损伤疾病，只要将它的动态平衡恢复，这个疾病就可以得到根本治疗。因此，针刀专家认为，动态平衡失调是慢性软组织损伤的主要病理机制，而造成动态平衡失调有四大病理因素，即粘连、疤痕、挛缩、堵塞。我们要想使机体恢复动态平衡，首先就要将这四大病理因素清除。

在四大基本理论的指导下，针刀医学形成一个独具特色的治疗学体系。将针灸针和手术刀有机结合起来，即针刀为主，手法为辅，药物配合，成功治愈了数千万例的颈肩腰腿疾病及疑难杂症。同时，针刀研究取得多项科研成果，其中“针刀松解法的基础研究”还被列入国家重点基础研究发展计划“973”计划中医理论专项课题。