心材含挥发油（白檀油）3-5%。油含A檀香萜醇和β-檀香萜醇（α-，β-Santalol）90%以上，檀萜烯（Santene）、α-檀香萜烯和β-檀香花烯（α-，β-Santalene）、檀萜烯酮（Santenone）、檀萜烯酮醇（Santenone alcohol）、及少量的檀香萜酸（Santalic acid）、檀油酸（Teresantalicacid）、紫檀萜醛（Santal aldehyde）。树干、枝和根的心材含挥发油（白檀油）1.6%-6%；根部心材产油率达10%，茎部心材次之。挥发油的主成分为α-及β-檀香醇（α-，β-santalol），达90%以上；并含α-及β-檀香烯（α-，β-santalene）、檀烯（santene）、檀萜酮（α-santenone）、α-檀萜醇（α-santenol）、檀香酮（santalone）、檀香酸（santalic acid）、檀油酸（teresantalic acid）、异戊醛（isovaleraldehyde）、檀油醇（teresantalol），以及三环准檀香醛（tricycloekasantal）。本部分另含檀香色素（santalin）、去氧檀香色素（deoxysantalin）及银槭醛（sinapyl aldehyde）、松柏醛（阿魏醛，coniferyl aldehyde，ferulaldehyde）、紫丁香醛（syringic aldehyde）、香荚醛（vanillin）。另报道国产檀香木含挥发油量高达10%，通常为2.5%-5%，云南引种7年的小树出油率较低（1.52%），侧枝更低（0.51%）。用GC-MS测定了含量较低的各组分，在20个化合物中，12个是已知化合物，如三环准檀香醛、α-檀香烯、α和β-檀香醇、α和β-檀萜醇，以及反-α-佛手烯（trans-α-berg-amotene）、香榧醇（nuciferol）及α-姜黄烯（α-curcumene）等。