菘蓝根含靛蓝（indigotin，indigo），靛玉红（indirubin），蒽醌类、β-谷甾醇（β-sitosterol），γ-谷甾醇（γ-sitosterol）以及多种氨基酸：精氨酸（arginine），谷氨酸（glutamic acid），酪氨酸（tyrosine），脯氨酸（proline），缬氨酸（valine），γ-氨基丁酸（γ-aminobu-tyric acid）。还含黑芥子甙（sinigrin），靛甙（indoxyl-β- hlucoside），色胺酮rptanthrin），1-硫氰酸-2-羟基丁-3-烯（l-thiocyano-2-hydroxy-3-butene），表告伊春（epigoitrin），腺甙（adenosine），棕榈酸（palmitic acid），蔗糖（sucrose）和含有12%氨基酸的蛋白多糖。

还含有抗革兰氏阳性和阴性细菌的抑菌物质及动力精。