亚麻子呈扁卵圆形，一侧较薄，一端钝圆，他端尖，并歪向一侧，长约4～6毫米，宽约2～3毫米，厚约1.5毫米。表面棕色，平滑而有光泽；扩大镜下可见微小的凹点，种脐位于尖端凹入部分，种脊浅棕色，位于一侧边缘。种皮薄，除去后，可见棕色薄膜状的胚乳，其内面有2片一面平、一面突起的大形子叶，黄色，富油性，胚根朝向种子的尖端。浸在水中，表皮中的粘液膨胀而成一粘液套，包围整个种子。嚼之带粘液性，油样，气无。以色红棕、光亮、饱满、纯净者为佳。