佐米曲普坦口服后吸收迅速。1小时内可达血药浓度峰值的75%，随后，血药浓度维持4～6小时。母体化合物的平均绝对生物利用度大约为40%。有一种活性代谢产物（N-去甲基代谢物），也是一种5HT1D激动剂。动物试验结果表明，其效能为佐米曲普坦的2～6倍。健康成人给予单剂量佐米曲普坦后，在2.5～50mg剂量范围内，佐米曲普坦及其活性代谢物的曲线下面积及血药浓度峰值均与剂量成比例。佐米曲普坦吸收不受食物的影响。佐米曲普坦主要经过肝脏生物转换，然后代谢物从尿中排泄。三种主要代谢产物为：吲哚乙酸（血浆及尿中主要的代谢物）、N-氧化物及N-去甲基代谢物。N-去甲基代谢物是有活性的，其他代谢物无活性。N-去甲基代谢物的血浆浓度大致为母体药物的一半；因此，预计其有助于本品的治疗作用。口服单次剂量的60%以上由尿中排泄（主要为吲哚乙酸代谢物），另约30%以母体化合物原形由粪便排泄。本品肾脏清除率大于肾小球滤过率，提示存在肾小管的分泌。本品血浆蛋白结合率低（大约为25%），平均清除半衰期为2.5～3小时，其代谢物的半衰期也类似，提示它们的清除受转换速率的限制。中度至重度肾脏损害的患者与健康受试者相比较，尽管母体化合物及其活性代谢物的曲线下面积仅有轻度的增高（分别为16%及35%），半衰期增长，但佐米曲普坦及其代谢物的肾脏清除率却降低了（7～8倍）。佐米曲普坦多次给药后不产生蓄积。