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以生物种类分类

①原生生物：此类寄生生物也很广泛，常见的比如疟疾原虫（Plasmodiumsp.）、贾干弟鞭毛虫（Giardialamblia）。

②无脊椎动物：此类寄生虫从数量和种类上都是最多的，甚至许多门的无脊椎动物是专性营寄生的。常见的如营内寄生的扁形动物猪肉绦虫（Taeniasolium），中华肝吸虫（Clonorchissinensis），和营外寄生节肢动物的阴虱（Phthiruspubis）、头虱（Pediculushumanuscapitis）、库蚊（Culex）。

③脊椎动物：此类寄生生物很罕见。盲鳗（Myxine）是脊椎动物中唯一的内寄生动物。在阿马逊流域有种鱼名为Candiru（Vandelliacirrhosa），它会钻进水中作业的渔民的生殖器，可达13厘米长。

以寄生环境分类

体内寄生生物（endoparasite），一切寄生在寄主体内的寄生生物。例如寄生在人类消化道，肺，肝，血液管道。甚至是脑组织和眼球。体内寄生虫又分为：①消化道内寄生虫，如蛔虫、钩虫、绦虫、溶组织内阿米巴和雅尔氏（旧译蓝氏贾第）鞭毛虫等；②腔道内寄生虫，如阴道毛滴虫；③肝内寄生虫，如肝吸虫、棘球蚴（包虫）；④肺内寄生虫，如卫斯特曼氏并殖吸虫（简称卫氏并殖吸虫）；⑤脑组织寄生虫，如猪囊尾蚴（猪囊虫）、弓形虫；⑥血管内寄生虫，如血吸虫；⑦淋巴管内寄生虫，如丝虫；⑧肌肉组织寄生虫，如旋毛虫幼虫；⑨细胞内寄生虫，如疟原虫（红细胞内寄生）和利什曼氏原虫（巨噬细胞内寄生）；⑩骨组织寄生虫，如包虫；皮肤寄生虫，如疥螨、毛囊螨；眼内寄生虫，如吸吮线虫、猪囊虫等等。

体外寄生生物（ectoparasite），一切寄生在寄主体外的寄生生物，例如在人类纺织物和皮肤之间寄生，甚至是在人的皮肤底下，鼻孔，阴茎等腔道。

以寄生虫与宿主的关系分类

1.专性寄生虫（obligatoryparasite）生活史及各个阶段都营寄生生活，如丝虫；或生活史某个阶段必须营寄生生活，如钩虫，其幼虫在土壤中营自生生活，但发育至丝状蚴后，必须侵入宿主体内营寄生生活，才能继续发育至成虫。

2.兼性寄生虫（facultativeparasite）既可营自生生活，又能营寄生生活，如粪类圆线虫（成虫）既可寄生于宿主肠道内，也可以在土壤中营自生生活。

3.偶然寄生虫（accidentalparasite）因偶然机会进入非正常宿主体内寄生的寄生虫，如某些蝇蛆进入人肠内而偶然寄生。

4.体内寄（endoparasite）和体外寄生虫（ectoparasite）前者如寄生于肠道、组织内或细胞内的蠕虫或原虫；后者如蚊、白蛉、蚤、虱、蜱等、吸血时与宿主体表接触，多数饱食后即离开。

5.长期性寄生虫（permanentparasite）和暂时性寄生虫（temporaryparasite）前者如蛔虫，其成虫期必须过寄生生活；后者如蚊、蚤、蜱等吸血时暂时侵袭宿主。

6.机会致病寄生虫（opportunisticparasite）如弓形虫、隐孢子虫、卡氏肺孢子虫等，在宿主体内通常处于隐性感染状态，但当宿主免疫功能受累时，可出现异常增殖且致病力增强。