胃蛋白酶，除存在于高等动物的胃液中外，在无脊椎动物中也具有同样性质的蛋白酶。但其性状许多还不明了。胰蛋白酶，存在于高等动物的胰液中。在低等动物（甲壳类、腹足类等）的胃液中，也以活性状态存在。但是否与高等动物的相同还不清楚。糜蛋白酶，含于高等动物的胰液中，氨肽酶存在于高等动物的肠液中，除作用于蛋白质的中间分解产物以外，在低等动物的蜗牛和骨螺的中肠腺中作为胃液而分泌，另外也作为中肠腺细胞内的消化酶而存在。羧肽酶除存在于高等动物的胰液外，在低等动物的中肠腺中以活化形态存在。氨酞基脯氨酸（二肽）酶、脯氨酞氨基酸（二肽酶）、二肽酶、亮氨酰肽酶存在于高等动物的肠液中。鱼精蛋白酶存在于高等动物的胰液中，角蛋白酶是存在于乌贼类肠液中的特殊的消化酶。凝乳酶（rennin，粗制凝乳酶）存在于高等动物的胃液中。肠激酶，是由高等动物的十二指肠上皮分泌的。组织蛋白酶通常认为存在于高等动物的胃液中，也存在于低等动物的中肠睬等中，原来由于是细胞组织内的蛋白质分解酶，所以不直接参与消化作用。