胸部穿刺活检的并发症有气胸、肺出血、咳血、胸膜腔出血、肿瘤的针道种植和其他器官的气体栓塞，实际上后两种情况非常罕见。

国内外报道较为一致的术后并发症主要为气胸和肺内出血；而气胸是最常见的并发症，文献报告其发生率为9%～44%，多在10%左右，大多是少量气胸，无需处理可自行吸收，需做胸腔闭式引流的病人仅占1.6%～14.3%；肺内出血1～3日可自行吸收，少数病人有痰中带血；大咯血和胸膜腔出血的发生率较低。

并发症的发生与操作者的熟练程度、进针次数、穿刺针与穿刺点胸膜切线位的锐角度及肺气肿等因素有关。