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遗传型变异还可通过两个不同性质细菌之间发生遗传物质的转移和重组而实现。在基因转移中，提供 DNA的细菌为供体，而接受DNA的细菌是受体。基因转移后获得重组的子代，即具有供体与受体菌二者的主要特性。

实现基因转移需要两个基本条件：一是全部或部分供体菌的基因相应进入受体菌；二是在受体菌中形成重组（杂交）的基因组。

一般在亲缘关系相近，供、受体菌间容易发生重组，而无亲缘性的细菌间因基因组缺乏同源序列，不能或不易发生重组。重组子代菌产生的率很低，因此一般需要有选择条件使重组子代菌生长繁殖基因转移的方式和机理有几种不同形式。

两个细菌细胞间可通过暂时的沟通（如接合）；也可根本不接触，通过供体菌释放的DNA片段进入受体菌（如转化）；也可通过噬菌体作媒介将供体菌的DNA片段包裹在其头部转移至受体菌（转导）。