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卡氏肺孢子虫为真核单细胞生物，其分类地位尚未明确。

生活史中主要有两种型体，即滋养体和包囊。在姬氏染色标本中，滋养体呈多态形，大小为2-5µm，胞质为浅蓝色，胞核为深紫色。包囊呈圆形或椭圆形，直径为4-6µm，略小于红细胞，经姬氏染色的标本，囊壁不着色，透明似晕圈状或环状，成熟包囊内含有8个香蕉形囊内小体，各有1个核。囊内小体的胞质为浅蓝色，核为紫红色。

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