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原理：为区带电泳，聚丙烯酰胺凝胶为网状结构，具有分子筛效应。抗原等蛋白样品经SDS处理后带负电荷，在聚丙烯酰胺凝胶中从阴极向阳极泳动，分子量越小，泳动速度就越快。这样就在聚丙烯酰胺凝胶上分离数条带。此阶段分离效果肉眼不可见（只有在染色后才显出电泳区带）。

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