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衣原体在宿主细胞内繁殖，具有独特的发育周期，呈现两种不同的形态结构，也即代表发育的两个时期。

原体：小球形、椭圆形或梨形，直径0.2～0.4mm。电镜下可见到致密的类核结构和少量的核糖体，有胞壁，是发育成熟的衣原体，一般所讲的衣原体指的是原体。吉姆萨染色呈紫色，Macchiavello染色呈红色。原体在宿主细胞外较稳定，无繁殖能力，但具有高度的感染性。当进入易感细胞后，在细胞膜包绕形成的空泡即吞噬体中逐渐发育，体积增大进入增殖状态，形成始体。

始体：大球形，直径0.5～1mm。无致密核质，但有纤细网状结构，故又称网状体。

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