辽宁省卫生厅设14个内设机构：

　　（一）办公室（外事处）。

　　协调厅机关政务、事务；负责机关文秘、信访、保密、档案工作；协调机关后勤管理工作；负责卫生新闻宣传工作；负责机关和直属单位的外事活动管理。

　　（二）政策法规处。

　　负责组织起草卫生方面的地方性法规、省政府规章草案工作，承办厅机关规范性文件的合法性审查和依法报备工作；负责依法行政规划协调工作；负责全省卫生系统的行政执法监督、厅机关行政复议、行政诉讼、应诉、法律事务咨询工作；负责卫生行政执法人员的培训、管理和卫生法制宣传教育工作；指导卫生法制建设及宣传工作。

　　（三）规划财务处。

　　拟订全省卫生事业发展规划；配合有关部门组织实施卫生服务价格工作；负责对厅直单位国有资产管理；负责省本级卫生预算经费管理；提出并组织实施卫生基本建设计划；负责国内外卫生贷款项目工作；负责厅直单位的卫生审计、卫生信息统计工作。

　　（四）食品安全综合协调与卫生监督处。

　　组织拟订食品安全标准；承担组织查处食品安全重大事故的工作；组织开展食品安全监测、风险评估和预警工作；组织实施食品安全检验机构资质认定的条件和检验规范；承担重大食品安全信息发布工作；拟订全省卫生监督工作的政策、规划；监督实施卫生法律、法规、技术规范和标准；负责全省卫生执法稽查工作；按照职责分工负责职业卫生、放射卫生、环境卫生和学校卫生的监督管理；负责公共场所和生活饮用水的卫生安全监督管理；负责消毒产品、医疗服务、采供血的监督管理。

　　（五）妇幼保健与社区卫生处。

　　拟订妇幼卫生、社区卫生的政策、规划、规范并组织实施；指导城市初级卫生保健规划的实施；指导城市基层卫生服务体系的改革；对妇幼保健、社区卫生实施监督管理；组织落实妇幼卫生政策措施、技术标准，牵头组织预防和减少出生缺陷与先天残疾工作。

　　（六）医政处（省医疗服务监管办公室）。

　　负责贯彻落实医疗机构、采供血机构、医务人员、医疗技术应用的有关政策、规定和标准；组织开展医疗质量、安全、服务和血液管理等方面评价和监管工作；推动无偿献血工作；负责医疗机构城乡对口支援、护理、康复、感染控制、临床实验室、临床药事、临床重点专科和医疗急救体系建设与管理；组织协调对重大人员伤亡进行医疗救治；推进医疗体制改革工作；组织协调医疗事故处理。

　　（七）省中医药管理局。

　　贯彻执行中医、中药、中西医结合工作的方针、政策；组织制定中医药事业的发展规划；组织实施中医医疗、保健、中药、中医护理、中西医结合等人员的技术职务评定标准和执业资格标准；指导和管理各级各类中医医疗、保健、康复、科研、教育等机构，并负责医疗、护理、临床用药及人才培养、科研开发等项工作；指导协调社区及农村中医药工作；负责中医（药）重大科研课题的攻关及转化工作。

　　（八）疾病控制处（省爱国卫生运动委员会办公室、省防治地方病办公室）。

　　负责全省疾病预防控制工作；研究拟订重大疾病的防治规划和严重危害人民健康的公共卫生的问题的干预措施，依法组织卫生技术力量对重大传染病、地方病的综合防治；有效控制疫情，防止疾病的发生、蔓延；协调并指导健康教育工作；承担省爱国卫生运动委员会的日常工作。

　　（九）科技教育处。

　　负责拟订医学科技和医学教育发展规划；组织申报并实施医学科技攻关、医学科技成果转化、普及和应用工作；监督管理与人体健康相关的实验室生物安全工作；审批管理人类辅助生殖技术、人类精子库，指导协调卫生技术推广和卫生科学普及工作；组织协调卫生专业技术岗位培训，负责继续医学教育工作。

　　（十）保健办公室。

　　组织实施省委和省委保健委员会制定的保健工作方针政策与规划；负责省管保健对象及国家领导人、重要外宾在辽宁期间的医疗保健工作。

　　（十一）卫生应急办公室（突发公共卫生事件应急指挥中心）。

　　指导协调全省卫生应急工作；组织拟订卫生应急和紧急医学救援规划、制度、预案和措施；指导突发公共卫生事件的预防准备、监测预警、处置救援、分析评估等卫生应急活动；组织实施对突发急性传染病防控和应急措施；对重大灾害、恐怖、中毒事件及核事故、辐射事故等组织实施紧急医学救援。

　　（十二）农村卫生处。

　　负责组织贯彻落实农村卫生工作的方针政策；研究拟订农村卫生事业发展规划；医学教育|网搜集整理监督指导农村卫生服务和业务工作；管理全省新型农村合作医疗工作；指导全省农村卫生体系建设和乡村医生相关管理工作；协调开展农村健康教育与健康促进活动。

　　（十三）药品器械处。

　　负责贯彻落实国家建立的基本药物制度；拟订全省基本药物的采购、配送、使用的政策措施，并对全省各级医疗机构基本药物使用情况进行监管；组织拟订全省药品和医用器械耗材的集中采购实施方案、管理办法等相关政策；拟订药品和医用器械集中采购目录；牵头组织药品和医用器械集中采购工作，并负责对医疗机构执行中标（入围）结果和履行情况进行监督检查；受理药品和医用器械集中采购活动中的投诉举报。

　　（十四）人事处。

　　拟订全省卫生人才发展规划和政策并组织实施；承担并指导机关、直属单位人事管理工作；承担直属单位领导班子和机关干部的考核任免工作；配合有关部门组织实施西医专业技术人员晋升职称考试和评审工作。

　　离退休干部处　负责机关离退休老干部工作，指导直属单位离退休干部工作。

　　机关党委　负责机关和直属单位的党群工作。

　　设置纪检组、监察室　合署办公，负责纪检和行政监察工作。