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牙本质龋多是由釉质龋进一步向深层发展所致，部分也可由牙根部牙骨质龋发展而来。

牙本质内含有机物较多，故其龋性损害除了有无机晶体的溶解外，还存在有机基质的分解破坏。牙本质内有牙本质小管，内有成牙本质细胞突起，牙本质龋是沿着牙本质小管进展的，故发展较快。牙髓牙本质为一复合体，牙髓组织有防御性反应，表现为修复性牙本质、硬化牙本质的形成。

釉质龋、牙骨质龋向深层发展达牙本质时，病变可沿釉质牙本质界、牙骨质牙本质界向两侧扩展，并由此沿牙本质小管深入，早期使紧接釉质病损前沿的牙本质发生脱矿，由于在脱矿深层区域pH相对较高，在此微环境中矿物离子易重新沉积，使牙本质小管内矿化。这种小管的再矿化现象发生于龋病进展较慢时，其形成有助于阻止外来有害物质的进入。龋病进一步进展，细菌侵入牙本质小管，并可沿侧支小管扩散，每一小管内常为一种细菌。细菌除进一步产酸使管周、管间牙本质脱矿外，同时产生的蛋白溶解酶使基质中的有机物溶解，小管扩张变形，最终结构破坏，相邻小管相互融合成坏死灶。坏死灶继续扩大，以致大片结构崩解，最终龋洞形成。

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