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儿童哮喘的恶化可能是由呼吸道病毒感染引起的。许多不同的病毒与哮喘恶化有关，如呼吸道合胞病毒、流感病毒、副流感病毒和鼻病毒。有研究认为，特应性儿童的呼吸道病毒感染可能启动一个特应性依赖级联反应，放大和维持由抗病毒免疫启动的气道炎症。也有研究发现哮喘患者易患流感机制为大剂量吸入性皮质类固醇治疗引起的对乙型流感抗原的免疫反应轻微受损，同时全身皮质类固醇使用也与较慢的病毒清除相关。一项田纳西州长达20年的研究发现，患有高风险疾病（主要是哮喘）的儿童因流感住院的比率是健康儿童的2至4倍。在与哮喘相关的病毒感染中，目前只有流感病毒感染可以预防。因此，所有指南都支持哮喘儿童应接种流感疫苗。然而，哮喘人群的流感疫苗接种率仍低，尤其在儿童中最低。因为人们很担心疫苗接种后会不会加重哮喘。在一项哮喘儿童的回顾性研究显示，接种疫苗的儿童较未接种者更有可能因哮喘和肺炎而就诊。另一项研究发现，19名哮喘患者接受灭活流感病毒疫苗注射后，虽然未观察到总体平均PEF、PEF昼夜变化、症状评分或支气管扩张剂需求的变化，却记录了47%的哮喘患者在接种流感疫苗后对组胺的支气管反应性增加，但这种支气管反应性的增加仅在接种疫苗后不久抗体滴度升高的患者中发现。

然而许多大型研究的证据表明，流感疫苗接种不太可能导致哮喘的短期恶化或严重呼吸道并发症。一项研究中，14名患有中度严重哮喘的成人接种了亚单位流感疫苗。没有患者报告局部或全身不良反应，哮喘症状、支气管扩张药物的使用也没有显著变化。在接种疫苗前一周、接种后2天和接种后2周的肺功能试验和组胺激发试验结果也没有显著变化。

也有研究证明了类固醇对于哮喘患者流感疫苗接种的影响。一项研究比较了294名3-64岁未接受或接受低剂量吸入皮质类固醇的受试者与接受中剂量或高剂量吸入皮质类固醇或口服皮质类固醇的受试者的免疫反应，发现所有组对甲型流感抗原的免疫反应相似，但高剂量吸入皮质类固醇可能降低了对乙型流感抗原的反应。然而，另一项研究发现，泼尼松的使用并没有减少哮喘儿童对流感疫苗的反应。因此，他们得出结论，儿童在接受泼尼松治疗的同时，可以有效地接种静脉注射疫苗，以缓解哮喘发作。

目前，CDC对于哮喘等肺疾病患者推荐的疫苗有：流感疫苗、肺炎球菌疫苗、百白破疫苗、带状疱疹疫苗。

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