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隐蔽抗原指体内某些与免疫系统在解剖位置上处于隔绝部位的抗原成分。按Burnet学说，由于这些抗原在胚胎期未曾与免疫系统发生过接触，故体内能与这些抗原起反应的免疫活性细胞未消失。在手术、外体或感染等性况下，隐蔽抗原释入血流或淋巴道与免疫系统接触，从而发生自身免疫。精子、眼晶状体、神经髓鞘磷脂碱性蛋白、某些器官、细胞（如甲状腺、胃壁细胞等）特异的微粒体抗原属此类型。实验证明，将眼晶状体或精子抗原注入动物自身体内，可诱发自身抗体。人体输精管结扎可形成抗自身精子的抗体以及眼球损伤后则可发生交感性眼炎。