根据职责，广西自治区卫生厅设17个内设机构。

（一）办公室。

负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作以及安全保密、政务公开、来信来访、卫生宣传、新闻发布等工作。

（二）规划财务处。

拟订全区卫生事业发展总体规划，统筹规划全区卫生资源的配置；组织全区卫生项目的规划和宏观管理；管理大型医用装备配置；拟订全区卫生财务、会计管理制度及财务管理办法；提出医疗服务价格、药品价格政策建议；负责卫生统计、内部审计工作。

（三）政策法规处。

起草地方性卫生法规、规章草案，组织协调卫生政策和卫生标准的研究及制（修）订工作；承担机关规范性文件的合法性审查；承担有关行政复议和行政应诉工作；组织协调开展普法与依法治理工作；负责卫生法制培训及宣传教育工作。

（四）卫生应急办公室（突发公共卫生事件应急指挥中心）。

拟订卫生应急和紧急医学救援规划、制度和措施；指导实施突发公共卫生事件的预防准备、监测预警、处置救援、分析评估等卫生应急工作；组织协调突发公共卫生事件应急处置，发布突发公共卫生事件应急处置信息；组织协调重大灾害、恐怖事件、中毒事件及核事故、辐射事故等突发公共事件的紧急医学救援并协调解决事件涉及的公共卫生相关问题。

（五）农村卫生管理处（自治区新型农村合作医疗管理办公室）。

负责全区农村基本医疗卫生保健、新型农村合作医疗制度和农村卫生综合管理工作；拟订有关政策、规划并组织、协调、指导实施；参与规划指导全区农村卫生服务体系建设，指导农村卫生服务及乡村医生相关管理工作；监督指导全区农村卫生政策的落实。

（六）食品安全综合协调与卫生监督处（行政审批办公室）。

指导规范全区卫生行政执法；按照职责分工，负责职业卫生、环境卫生、学校卫生、公共场所卫生等监管工作；负责传染病防治监督；整顿和规范医疗服务市场；组织查处重大卫生违法案件；负责食品安全综合协调，组织食品安全重大事故的调查处置；制定广西食品安全地方标准，开展食品安全监测、风险评估和预警工作；负责食品安全企业标准的备案，重大食品安全信息发布工作；牵头负责行政审批工作。

（七）妇幼保健与社区卫生处。

拟订妇幼卫生、社区卫生政策、规划、规范并组织实施与管理；拟订妇幼卫生技术标准；依法对妇幼保健和生殖健康专项技术、计划生育技术服务实施监督管理；牵头组织预防和减少出生缺陷与先天残疾工作。

（八）医政处（医疗服务监管处）。

拟订医疗机构、采供血机构、医疗技术应用、医疗质量、医疗安全和医疗服务管理等有关政策、规范、标准，并组织指导实施；拟订医务人员执业标准和服务规范；建立医疗质量控制体系，并组织指导实施；指导医疗急救体系建设、医院临床重点专科建设、医院感染控制、临床药学、临床实验室管理等有关工作；负责医疗机构医疗服务的监督管理工作；建立医疗机构医疗质量评价和监督体系，组织开展医疗质量、安全、服务监督和评价等工作；建立健全以公益性为核心的公立医院监督制度，推进公立医院管理体制改革。

（九）疾病控制处（自治区爱国卫生运动委员会办公室）。

贯彻执行国家疾病控制的法律法规和方针政策以及卫生部下达的工作指令；拟订全区疾病控制规划、国家免疫规划工作方案和严重危害公众健康的公共卫生问题的干预措施并组织实施，并定期督导检查，防止和控制疾病的发生和疫情蔓延；发布全区法定报告传染病疫情信息；承办自治区爱国卫生运动委员会的具体工作。

（十）艾滋病综合协调与宣传干预处。

负责起草艾滋病防治法规、规范性文件；组织协调自治区有关部门开展艾滋病防治宣传干预工作和社会救助工作；负责组织协调艾滋病防治相关资源的配置和实施工作；承办自治区防治艾滋病工作委员会、自治区防治艾滋病攻坚工程领导小组的具体工作，指导各级防治艾滋病工作委员会办公室的工作。

（十一）艾滋病救治与规划督导处。

组织拟定防治艾滋病中长期规划和年度计划以及相关技术规范。组织协调开展督查指导、评估考核工作；协调指导实施艾滋病预防干预、病人救治等技术措施；协调管理各类艾滋病防治项目和科研项目；组织动员和管理社会组织及志愿者参与防治工作。

（十二）科技教育处。

组织制订全区医药卫生科技发展规划，组织实施重点医药卫生科研攻关项目；指导医疗卫生方面的技术推广和科学普及工作；组织研究地方医药卫生技术标准；承担全区医药卫生实验室生物安全监督管理工作；组织指导全区卫生专业技术岗位培训工作；承担组织开展继续医学教育和毕业后医学教育工作。

（十三）国际合作处。

承担组织指导卫生方面的政府与民间的多边、双边合作交流和卫生援外有关工作；组织协调我区与世界卫生组织及其他国际组织在医学卫生领域的交流与合作；承担与港澳台的卫生合作工作。

（十四）保健处。

拟订并组织实施自治区保健事业发展规划；承担自治区党委、自治区人民政府确定的保健对象及有关医疗照顾对象的医疗保健工作；承担在桂召开的国际性、国家和自治区级重要会议、重大活动的医疗卫生保障工作；负责来桂中央领导、区外主要领导干部、知名人士和重要外宾的医疗保健工作；负责组织安排干部健康体检工作。

（十五）中医药管理局。

贯彻执行国家中医药、中西医结合、民族医药（统称中医药民族医药）法律、法规和政策；拟订并组织实施全区中医药民族医药事业发展的战略、规划、政策和相关标准，参与拟订中药民族药产业促进政策；监督管理全区中医民族医医疗、预防、保健、康复及临床用药等；规划、指导和协调全区中医民族医机构的结构布局及改革；拟订并监督执行全区中医民族医机构管理规范和专业技术人员准入标准；拟订并组织实施全区中医药民族医药人才发展、科学研究和技术开发规划；指导中药民族药资源的保护、开发和合理利用；组织开展中医药民族医药的发掘整理及文化的继承发展，推动全区中医药民族医药防病治病知识普及；组织开展中医药民族医药国际交流合作。

（十六）药物政策与基本药物制度处。

组织实施、宣传推广国家基本药物制度；拟订药械采购、配送、使用的政策措施，指导药械集中采购管理工作。

（十七）人事处。

拟订全区卫生人才发展规划和政策并指导实施，会同有关方面拟订全区各类卫生专业技术资格标准并组织实施；负责厅机关和直属单位机构编制、人事管理工作；组织指导卫生管理干部岗位培训工作。

机关党委负责机关和驻誉直属单位的党群工作。

离退休人员工作处负责机关离退休人员工作，指导直属单位的离退休人员工作。