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抗原抗体复合物也有调节免疫应答的作用。免疫复合物抗原可与B细胞表面的抗原受体结合，复合物中的抗体可与B细胞表面的Fc受体结合，当B细胞表面的抗原受体的Fc受体因抗原抗体复合物的作用而发生交联时，就可产生抑制信号，可抑制B细胞分化为抗体形成细胞。但当抗原量多，抗体量少时形成的复合物可与抗原呈递细胞（APC）表面的Fc受体结合，则可增强抗原呈递细胞的功能，进而增强B细胞产生抗体的反应。所以免疫复合物的调节作用在反应初期由于抗原量大，多表现为增强反应，而到后期由于抗体量增多可中和抗原而起抑制作用。此外，抗体类别不同，作用也不同，在反应初期，当IgM产生多时，形成的复合物有增强作用，而后期IgG多时，则起抑制作用。