（1）肠道内感染：可由病毒、细菌、真菌、寄生虫引起，以前两者多见，尤其是病毒。

①病毒感染

寒冷季节的婴幼儿腹泻80%由病毒感染引起。病毒性肠炎主要病原为轮状病毒（RV），属于呼肠病毒科RV属；其次有星状病毒、杯状病毒科的诺如病毒；肠道病毒包括柯萨奇病毒、埃可病毒、肠道腺病毒等；冠状病毒科的环曲病毒等。

A、轮状病毒：是秋冬季婴幼儿腹泻病的主要病原，流行广泛，呈全世界性分布。

B、诺如病毒：偶可引起地方性暴发流行，多为成人及年长儿发病。

C、肠腺病毒：其胃肠型（血清型）40或41型是引起婴幼儿腹泻病的常见病原，发病率仅次于轮状病毒。

D、其他星状病毒：杯状病毒、埃可病毒，小圆病毒、巨细胞病毒也可引起腹泻病。

②细菌感染（不包括法定传染病）

A、致腹泻大肠杆菌：根据引起腹泻的大肠杆菌不同致病性和发病机制，已知菌株可分为5大组。

a、致病性大肠杆菌（EPEC）：为最早发现的致腹泻大肠杆菌。EPEC侵入肠道后，黏附在肠黏膜上皮细胞，引起肠黏膜微绒毛破坏，皱襞萎缩变平，黏膜充血、水肿而致腹泻，可累及全肠道。

b、产毒性大肠杆菌（ETEC）：可黏附在小肠上皮刷状缘，在细胞外繁殖，产生不耐热肠毒素（LT）和耐热肠毒素（ST）而引起腹泻。

c、侵袭性大肠杆菌（EIEC）：可直接侵入肠黏膜引起炎症反应，也可黏附和侵入结肠黏膜，导致肠上皮细胞炎症和坏死，引起痢疾样腹泻。该菌与志贺菌相似，两者O抗原有交叉反应。

d、出血性大肠杆菌（EGEC）：黏附于结肠产生与志贺杆菌相似的肠毒素（vero毒素），引起肠黏膜坏死和肠液分泌，致出血性肠炎。

e、黏附集聚性大肠杆菌（EAEC）：以集聚方式黏附于下段小肠和结肠黏膜致病，不产生肠毒素，亦不引起组织损伤。

B、空肠弯曲菌：与肠炎有关的弯曲菌有空肠型、结肠型和胎儿亚型3种，95%～99%弯曲菌肠炎是由胎儿弯曲菌空肠亚种（简称空肠弯曲菌）所引起。致病菌直接侵入空肠、回肠和结肠黏膜，引起侵袭性腹泻。某些菌株亦能产生肠毒素。

C、耶尔森菌：除侵袭小肠、结肠黏膜外，还可产生肠毒素，引起侵袭性和分泌性腹泻。

D、其他：沙门菌（主要为鼠伤寒和其他非伤寒、副伤寒沙门菌）、嗜水气单胞菌、难辨梭状芽孢杆菌、金黄色葡萄球菌、铜绿假单胞菌、变形杆菌等均可引起腹泻。

③真菌

致腹泻的真菌有念珠菌、曲菌、毛霉菌，婴儿以白色念珠菌性肠炎多见。在机体抵抗力低下、正常菌群紊乱时可引起腹泻病。

④寄生虫

常见为蓝氏贾第鞭毛虫、阿米巴原虫和隐孢子虫等。

（2）肠道外感染：有时亦可产生腹泻症状，如患中耳炎、上呼吸道感染、肺炎、泌尿系感染、皮肤感染或急性传染病时，可由于发热、感染原释放的毒素、抗生素治疗、直肠局部激惹（如膀胱炎、阑尾周围脓肿等）作用而并发腹泻。有时病原体（主要是病毒）可同时感染肠道。

（3）使用抗生素引起的腹泻：除了一些抗生素可降低碳水化合物的转运和乳糖酶水平之外，肠道外感染时长期、大量地使用广谱抗生素可引起肠道菌群紊乱，肠道正常菌群减少，耐药性金黄色葡萄球菌、变形杄菌、铜绿假单胞菌、艰难梭菌或白色念珠菌等可大量繁殖，引起药物较难控制的肠炎，排除其他（病程中发生的病毒或者细菌感染，应用泻剂等）诱发因素，称之为抗生素相关性腹泻（AAD），通常发生在抗生素治疗2～6周时。