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肠内感染患者的诊断关键依靠粪便中找到卵囊。粪便(水样或糊状便为好)直接涂片染色，检出卵囊即可确诊。肠外感染的诊断通常需要活检，但胆汁、痰液及支气管灌洗液染色也有一定的帮助。急性患者类便中卵囊数量多，易检出慢性患者及隐性感染者，其粪便标本可先采用浓集技术处理，然后再染色镜检，以提高检出率。常用的检查方法有金胺酚染色法、改良抗酸染色法及金胺-酚改良抗酸联合染色法。此外，采用PCR和DNA探针技术检测隐孢子虫特异DNA的基因检测，具有特异性强.敏感性高的特点检测的底限可降至单个卵囊。

隐孢子虫病的免疫学诊断近年发展较快，具有弥补粪检不足的优点，可提高检出率。粪便标本的免疫诊断法采用ELISA技术检测粪便中的卵囊抗原，具有特异性高、敏感性好的优点，适用于对轻度感染者的诊断和流行病学调查。此外，血清标本的免疫诊断尚可检测隐孢子虫特异性抗体。在症状发作的2周内，大多数患者的血清中IgM或IgG滴度升高，一般可持续很长时间，流行区患者IgM持续升高提示反复暴露。

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