重庆市卫生局（重庆市中医管理局、重庆市爱国卫生运动委员会办公室）是市政府主管卫生工作的组成部门。主要职责是：

　　（一）推进全市医药卫生体制改革。拟订全市卫生改革与发展规划和方针政策，起草卫生、食品安全、药品、医疗器械地方性法规、规章，依法制定有关标准和技术规范。

　　（二）负责实施全市国家基本药物制度。

　　（三）承担食品安全综合协调、组织查处食品安全重大事故的责任，组织拟订食品安全地方标准，负责食品企业标准备案工作，负责食品及相关产品的安全风险评估、预警工作，统一发布重大食品安全信息。

　　（四）统筹规划与协调全市卫生资源配置，承担区域卫生规划的编制和实施工作。

　　（五）组织拟订并实施农村卫生发展规划和政策措施，负责新型农村合作医疗的综合管理。

　　（六）拟订社区卫生、妇幼卫生发展规划和政策措施，规划并指导社区卫生服务体系建设，负责妇幼保健的综合管理和监督。

　　（七）负责疾病预防控制工作，拟订实施重大疾病防治规划，拟订全市免疫规划及方案，协调有关部门对重大疾病实施防控与干预，发布法定报告传染病疫情信息，承担市防治艾滋病工作委员会的具体工作。

　　（八）负责卫生应急工作，拟订卫生应急预案和政策措施，负责突发公共卫生事件监测预警和风险评估，指导实施突发公共卫生事件预防控制与应急处置，发布突发公共卫生事件应急处置信息。

　　（九）组织实施促进中医药事业发展的法律、法规、规章和政策，拟订中医药中长期发展规划，并纳入全市卫生事业发展总体规划和目标。

　　（十）指导规范卫生行政执法工作，按照职责分工负责职业卫生、放射卫生、环境卫生和学校卫生的监督管理，医学教|育网搜集整理负责公共场所和饮用水的卫生安全监督管理，负责传染病防治监督。

　　（十一）负责全市医疗机构（含中医院、民族医院等）医疗服务的全行业监督管理，拟订医疗机构医疗服务、技术、医疗质量和采供血机构管理的政策、规范、标准，组织拟订医疗卫生职业道德规范，建立医疗机构医疗服务评价和监督体系。

　　（十二）组织拟订全市医药卫生科技发展规划，组织实施各项重点医药卫生科研攻关项目，参与拟订医学教育发展规划，组织开展继续医学教育和毕业后医学教育工作。

　　（十三）指导卫生人才队伍建设工作，组织拟订重庆市卫生人才发展规划。

　　（十四）组织参与卫生方面的国际交流合作与卫生援外有关工作，开展与港澳台的卫生合作工作。

　　（十五）负责市干部保健委员会确定的保健对象的医疗保健工作，负责市级单位离休干部的医疗管理工作，负责中央领导和高级别外宾来渝，以及全市重要会议与重大活动的医疗卫生保障工作。

　　（十六）承担市爱国卫生运动委员会的具体工作。

　　（十七）承办市政府交办的其他事项。