安徽省卫生厅内设机构：

办公室、人事处、规划财务处、政策法规处、卫生应急处理办公室（突发公共卫生事件应急指挥中心）、 疾病预防控制局（省爱国卫生运动委员会办公室、省地方病防治领导小组办公室）、农村卫生管理处、妇幼保健与社区卫生处、医政与医疗服务监管处、食品安全综合协调与卫生监督处、药物政策与基本药物制度处、科技教育处、省中医药管理局、外事处、保健处、离退休工作处、机关党委、省纪委（监察厅）派驻省卫生厅纪检组（监察室）。