南京医科大学第二附属医院是江苏南京市国家级住院医师规范化培训基地，南京医科大学第二附属医院（又名南京医科大学第二临床医学院、江苏省第二红十字医院、南京医科大学附属儿童医院），是南京医科大学直属临床教学医院，是国家卫计委全科医师培训基地、国家卫计委临床药师培训基地、国家卫计委消化内镜诊疗培训基地、国家卫计委妇科四级腔镜诊疗培训基地以及国家药物临床试验机构（12个专业）。医院的前身是南京市第四医院，1981年成为南京医学院第二附属医院，南京医学院附属儿童医院，后随南京医科大学的改名，改为南京医科大学第二附属医院，2007年单设南京医科大学第二临床医学院。2007年托管南京市第三医院（原南京铁路医院），成立南京医科大学第二附属医院东院。2009年成为三级甲等综合医院。

医院共占地3.75万平方米，建筑面积7.64万平方米，开放床位1200张，年门诊量超过120万人次，出院病人接近5万人次。医院职工人数2000多人，其中高级职称331人，中级职称543人，博士生导师10人，硕士生导师73人，教授13人，副教授47人；江苏省“突贡”人才2人，“双创”人才3名，特聘教授1人，特聘医学专家1位，“333”工程“带头人15人，”六大人才高峰“项目资助17人，”兴卫工程“重点学科1项（共建）、领军人才（创新团队）3人、重点人才4人（2名共建）。

自2007年3月，托管南京市三院（原南京铁路医院）成立东院后，医院拥有两个院区。医院先后将儿科、妇产科、肾脏内科、眼科、耳鼻喉科等整建制搬迁至东院，本部重点发展消化科、普外科、全科医学等，初步形成本部以“大专科、大综合”、东院以“大专科、小综合”为特色的医疗格局。近五年，医院主要业务指标持续保持30%的增长，医院业务收入由3.2亿元增至10. 7亿元；年门诊量由58.5万人次增至122.5万人次；出院病人由2.12万人次增至4.7万人次；平均住院天数由12.9天降至10.2天。国家自然科学基金项目由零突破至12项，SCI论文由几篇到73篇每年。

医院设有37个临床科室，其中消化内科、儿科、肾脏内科、妇产科、老年医学科、神经内科、内分泌科、普外科、肿瘤科、泌尿外科、眼科等十一个专科为江苏省级临床重点专科。儿童医学中心加快向“专科医院模式”方向发展，共有5个病区，6个亚专科，140张床位，2009年7月，南京市卫计委将东院儿童医学中心挂牌成为南医大二附院儿童医院，年门急诊量约25万人次，出院病人近万人次，是南京地区综合医院中规模最大的儿童医院。消化医学中心由一个内镜中心、3个病区和一个研究所组成，共有床位97张，拥有专利八项，年内镜手术数约15000例次，其中ERCP超过1000例次；肾脏病中心拥有2个病区、1个实验室、1个透析中心， 共有58张床位，130台透析机，年透析病人超过7万台次；肾脏内科为江苏省临床重点学科，拥有江苏省特聘教授、江苏省“双创人才”、医学领军人才，拥有多项国家级科研项目和高影响因子SCI论文。妇产科拥有一栋独立病房楼，共有3个病区，98张床位，全年门急诊量超过10万人次，年手术量约3000例次，年分娩数仅次于南京市妇幼保健院。老年医学科拥有两个病区，一个实验室，63张床位，拥有多项国家级科研项目和高影响因子SCI论文，为江苏省医学会科学普及与健康教育主委单位、老年医学副主委单位。

医院有医技科室20余个，其中放射科、物理诊断科、放疗科、检验科、病理科人才济济、设施齐全，拥有一批先进的医疗仪器设备，如核磁共振、64排CT、科研型螺旋CT、直线加速器、癫痫刀、激光碎石机、DSA、ECT、PACS系统、彩色超声仪、彩色经颅多普勒血流仪、24小时动态心电图、自动十二导心电图机、全自动生化分析仪、全自动电化学免疫发光仪、肿瘤超声聚焦刀、热疗仪等。可开展肿瘤的常规放射治疗、介入治疗、立体定向适形放疗（X-刀），能够满足全身各个器官的诊断，开展各种类型的化验诊断。

医院曾获得全国抗震救灾先进集体称号、中国红十字优秀冠名医疗机构及江苏省优秀红十字医院称号、全国总工会科教文卫工会“工人先锋号”称号、江苏省卫生系统抗震救灾先进集体称号、江苏省总工会“五一”劳动奖状、江苏省工会模范职工之家、江苏省省级机关文明单位等荣誉。医院坚持“要让病人满意，先让职工满意；态度决定一切，细节决定成败”的管理理念；坚持“服务病人、满意病人、感动病人”的服务理念；坚持“2007-2015三个三年”的医院发展战略，医院正在积极建设一幢约5万平方米的医学综合楼，全面提升医院综合实力，努力将医院建成省属大型教学型综合医院。

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