（1）分离混合物 在中药提取物的有效部位中，往往含有结构相似、理化性质相似的几种成分的混合物，用一般的化学方法很难分离，可用色谱法将它们分开。

（2）精制化合物 在提取、分离得到有效成分时，往往含有少量结构类似的杂质，不易除去，也可利用色谱法除去杂质得到纯品。

（3）鉴定化合物 在一定条件下，纯粹的化合物在薄层色谱或纸色谱中都有一定的Rf值，在气相色谱和高效液相色谱中有一定的保留时间，所以利用色谱法可以鉴定化合物的纯度或利用标准品的对照来初步确定两种性质相似的化合物是否为同一物质。

由于中药有效成分类型不同，性质各异，所以选择色谱条件是不同的。

一般生物碱的分离可用硅胶或氧化铝柱色谱，对于极性较高的生物碱可用分配色谱，而对季铵型水溶性生物碱也可用分配色谱或离子交换色谱。

苷类的色谱分离往往决定于苷元的性质，如皂苷、强心苷，一般可用分配色谱或硅胶吸附色谱。

挥发油、甾体、萜类包括萜类内酯，往往首选氧化铝及硅胶色谱。

黄酮类化合物、鞣质等多元酚衍生物可用聚酰胺吸附色谱。

有机酸、氨基酸一般可选用离子交换色谱，有时也用分配色谱。有些氨基酸也可用活性炭吸附色谱。

对于大分子化合物，如多肽、蛋白质、多糖，常用凝胶色谱。

总的来说，对非极性成分往往考虑用氧化铝或硅胶吸附色谱；若极性较大则采用分配色谱或弱吸附剂吸附色谱；对酸性、碱性、两性成分可采用离子交换色谱，有时也可用吸附色谱及分配色谱等。