所属系统不同

由国家人事部和食品药品监督管理局组织的，属于药监系统。

国家卫计委组织的，属于卫生系统。

报名时间不同

报名一般会在每年的7、8月左右。

一般会在每年的年底进行。

考试时间不同

一般是在每年的10月中下旬。

一般是在每年的5月份。

考试类型不同

考试科目有四门，分别为药事管理与法规、（中）药学专业知识（一）、（中）药学专业知识（二）、（中）药学综合知识与技能。

考试科目也有四门，分别为基础知识、相关专业知识、专业知识、专业实践能力。

报考要求不同

以本科为例，毕业从事相关工作3年才可以考执业药师。

执业药师的工作证明可以是药企开具，专业只要是药学相关就可以。

本科毕业一年就可以考初级药师。

药师的工作证明必须是医院、社区卫生所开出，毕业院校必须是相关目录中规定的才可以。

使用方向不同

考取之后一般是在药店使用，国家规定每个药店必须配备一个执业药师。

初级药师是技术职称，需要由单位进行聘任。