小肠的主要生理功能是受盛、化物和泌别清浊。小肠与心有经脉相互络属，故小肠与心相为表里。

1.主受盛和化物：小肠的受盛功能主要体现在两个方面：一是说明小肠为接受经胃初步消化的饮食物之盛器。二是指经过胃初步消化的饮食物，必须在小肠内停留相当长的时间，以利于进一步的消化和吸收。

2.泌别清浊：小肠的泌别清浊功能，主要体现于三个方面：一是将经过小肠消化后的饮食物，分别为水谷精微和食物残渣两个部分医学教育网`搜集整理；二是将水谷精微吸收，并将食物残渣向大肠输送；三是小肠在吸收水谷精微的同时，也吸收了大量的水液，使无用的水液渗入于膀胱。故又称“小肠主液”。