本病潜伏期10～65天。缺乏特异性临床表现，无症状感染和轻症患者常见。
1.急性呼吸系感染是其主要表现，如咽炎、喉炎、鼻窦炎、中耳炎、支气管炎及肺炎，以肺炎最常见占50%以上，支气管炎次之。老年人以肺炎多见，20岁以下的青少年，则多为支气管炎及上呼吸道感染。常以发热、全身不适、咽痛及声音嘶哑起病，数日后出现咳嗽，此时体温多已正常。亦可引起支气管炎、支气管哮喘，原有支气管哮喘的患者感染肺炎衣原体后，可加重病情。还可引起咽炎、鼻窦炎及中耳炎，此多与肺炎及支气管炎同时存在。病变一般均较轻，但即使应用抗生素治疗，病情恢复较慢，咳嗽及全身不适等症状可持续数星期至数月。病情严重者可因原基础疾病加重或因发生并发症如细菌感染而死亡。
2.伤寒型少数患者表现为高热、头痛、相对缓脉及肝脾大，易并发心肌炎、心内膜炎和脑膜炎，重症患者出现昏迷及急性肾衰竭，表现类似重型伤寒。
3.肺炎衣原体感染与动脉硬化、冠心病及急性心肌梗死之发病的相关性据统计50%的慢性冠心病及68%急性心肌梗死患者血清中，可检出抗肺炎衣原体抗体（IgG和IgA），对照组仅17%.用肺炎衣原体单克隆抗体免疫组化染色或用PCR法，在冠状动脉或主动脉的硬化斑中，可检出肺炎衣原体抗原或其DNA，证实在病灶内存在病原体，而在正常动脉组织中未检出。在电镜下观察亦发现在硬化的冠状动脉壁上，可见大小和形态与肺炎衣原体相似的梨状物。Gloria等报告用单克隆抗体免疫荧光法，分别在主动脉和冠状动脉硬化的标本中检出肺炎衣原体抗原，阳性率分别为13%和79%，正常主动脉为4%.故认为肺炎衣原体感染与动脉硬化的发生相关，是发生冠心病的危险因素，对冠心病患者应注意除外肺炎衣原体感染，并认为防治肺炎衣原体感染有可能减少冠心病的发生。据报告，动脉粥样硬化、冠心病及外周动脉栓塞等心血管病患者，常合并肺炎衣原体感染，用罗红霉素等大环内酯类抗生素治疗，并经过2～7年的随访，可明显降低心血管病的进展。同时发现有肾衰竭的冠心病患者，其肺炎衣原体的感染率更高，且更易促进心血管病的进展。
4.其他可引起虹膜炎、肝炎、心内膜炎、脑膜炎及结节性红斑等。是艾滋病、恶性肿瘤或白血病等疾病发生继发感染的重要病原体之一。另发现在一些疾病如恶性肿瘤、脑血管病、肾功能不全、帕金森综合征、肝硬化及糖尿病患者，均可检出较高阳性率的肺炎衣原体抗体，两者间的确切关系尚不明确。近年来发现，肺炎衣原体感染在COPD中常见（65%），重症患者更高。且发现COPD患者肺炎衣原体特异性抗体阳性率明显高于健康人群。尤其是>50岁的COPD患者，4%以上的急性发作与肺炎衣原体感染有关。
由于本病缺乏特异性临床表现，故对有肺炎或上述临床表现的患者，如疑及本病，可做病原学或免疫学检测确诊。
